2021-22
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Enseignements
2020-2021
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2017-2018
| L1 MPCIE | Algorithmique et structures de données 1 (TP) |
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2016-2017
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| L2 MPCIE / SVG | C2I (TD & TP) |
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2015-2016
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2014-2015
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2013-2014
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Thèse
| Sujet : | Étude de la régulation anti-sens par l'analyse différentielle de données transcriptomiques dans le domaine végétal |
| Directrice de thèse : | Béatrice Duval |
| Co-directeur de thèse : | Jean-Pierre Renou |
| Financement : |  |
| Soutenue le : | Mardi 12 décembre 2017 |
| Rapporteurs : | Céline ROUVEIROL |
| Fariza TAHI | |
| Examinateur : | Jérémie BOURDON |
| Résumé : | Un des problèmes actuels en bio-informatique est de comprendre les mécanismes de régulation au sein d'une cellule ou d'un organisme. L'objectif de la thèse est d'étudier les réseaux de co-expression de gènes chez le pommier avec la particularité d'y intégrer les transcrits anti-sens. Les transcrits anti-sens sont des ARN généralement non-codants, dont les différents modes d'action sont encore mal connus. Dans notre étude exploratoire du rôle des anti-sens, nous proposons d'une part une analyse fonctionnelle différentielle qui met en évidence l'intérêt de l'intégration des données anti-sens en transcriptomique. D'autre part, concernant les réseaux de gènes, nous proposons de limiter l'inférence à un cœur de réseau et nous introduisons alors une méthode d'analyse différentielle permettant de comparer un réseau obtenu à partir de données sens avec un réseau contenant des données sens et anti-sens. Nous introduisons ainsi la notion de gènes AS-impacté, qui permet d'identifier des gènes dont les interactions au sein d'un réseau de co-expression sont fortement impactées par la prise en compte de transcrits anti-sens. Pour les données pommier que nous avons étudiées et qui concerne la maturation des fruits et leur conservation à basse température, l'interprétation biologique des résultats de notre analyse différentielle fournit des pistes pertinentes pour une étude expérimentale plus ciblée de gènes ou de voies de signalisation dont l'importance pourrait être sous-estimée sans la prise en compte des données anti-sens. |
| Documents : | Manuscrit - Présentation |
Publications
orcid.org/0000-0001-7984-326X - DBLP - Okina
2022
- Vincent Barichard, Corentin Behuet, David Genest, Marc Legeay, David Lesaint. A Constraint Language For University Timetabling Problems. Proceedings of the 13th International Conference on the Practice and Theory of Automated Timetabling (PATAT 2022), 2022. (.pdf)
- Vincent Barichard, Corentin Behuet, David Genest, Marc Legeay, David Lesaint. Approche par contraintes pour une classe d'emplois du temps universitaires. Actes des Journées Francophones de Programmation par Contraintes (JFPC 2022), 2022. (.pdf)
2021
- . The STRING database in 2021: customizable protein–protein networks, and functional characterization of user-uploaded gene/measurement sets. Nucleic Acids Research, Volume 49, Issue D1, Pages D605–D612, 8 Jan 2021. (doi)
2020
- . Visualize omics data on networks with Omics Visualizer, a Cytoscape App [version 2; peer review: 2 approved]. F1000 Research, 2020. (doi)
2018
- . Large scale study of anti-sense regulation by differential network analysis. BMC Systems Biology 12(Suppl 5):95, 20 Nov 2018. (doi) (pdf)
2017
- . Differential Network Analysis of Anti-sense Regulation. International Work-conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO), pages 277-288, 2017. (doi) (.pdf)
2016
- . Inference and differential analysis of Extended Core Networks: A way to study anti-sense regulation. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), pages 284-287, 2016. (doi) (.pdf)
- . Differential Functional Analysis and Change Motifs in Gene Networks to Explore the Role of Anti-sense Transcription. 12th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2016), pages 117-126, 2016. (doi) (.pdf)
2015
- . Un langage d'interrogation à la SPARQL pour les graphes conceptuels. Actes de la conférence Extraction et Gestion des Connaissances (EGC 2015), pages 227-238, 2015. (.pdf)
2014
Contacts
LERIA, Département Informatique, Bureau G 202
UFR Sciences
2 boulevard Lavoisier
49045 ANGERS Cedex 01
Téléphone : 02-41-73-54-65
Courriel : rf.sregna-vinu@yaegel.cram