import random
import fitch
import numpy as np
import time

# Gap, Adénine, Cytosine, Guanine, Thymine
#          -  A  C  G  T 
options = [0, 1, 2, 4, 8]
# taille des séquences : 1 million de nucléotides
taille = 1000000  

# On génère des listes de nucléotides
liste_1 = [random.choice(options) for _ in range(taille)]
liste_2 = [random.choice(options) for _ in range(taille)]

# on les transforme en tableaux d'octets avec numpy
s1 = np.array(liste_1, dtype=np.uint8)
s2 = np.array(liste_2, dtype=np.uint8)
# la séquence hypothétique est composée de 0
sh = np.zeros(len(s1), dtype=np.uint8)

# on exécute l'appel à la fonction de fitch 20 fois
debut = time.time()
for repeat in range(20):
	mutations = fitch.compute(s1, s2, sh)
fin = time.time()
print("temps d'exécution=", (fin-debut))

# affichage de résultats
print(s1[:20])
print(s2[:20])
print(sh[:20])
print(mutations)