1taq - reference 1


Name                 Taq DNA polymerase																			

Number of sequences              5
Alignment Length                 950
Longest Sequence                 928
Shortest Sequence                806
Average Percent Identity         40
Maximum Percent Identity         50
Minimum Percent Identity         35

Sequence Name    SWISSPROT Accession
dpo1_thefl           P30313         
dpo1_myctu           Q07700         
dpo1_bacca           Q04957         
dpo1_strpn           P13252         
DPO1_ECOLI           P00582         

Family   dpo1_thefl dpo1_myctu dpo1_bacca dpo1_strpn DPO1_ECOLI


dpo1_thefl   1  ....pkgRVLLVDGHHLAYRTFFAL....kgLTTSRGEPVQAVYGFAKSL
dpo1_myctu   1  ....akpTLMLLDGNSLAFRAFYAL..aepnFKTRGGLTTNAVYGFTAML
dpo1_bacca   1  .....kkKLVLIDGSSVAYRAFFAL....plLHNDKGIHTNAVYGFTMML
dpo1_strpn   1  .....kkKLLLIDGSSVAFRAFFALqqldyrFKNAAGLHTNAIYGFQLML
DPO1_ECOLI   1  mvqipqnPLILVDGSSYLYRAYHAF....ppLTNSAGEPTGAMYGVLNML

dpo1_thefl  43  LKALKEDg.dVVVVVFDARAPT................PEDFPRQLALIK
dpo1_myctu  45  INLLRDEatpHIAAAFD.RSST................PDEFAGQIDITK
dpo1_bacca  42  NKILAEEetpHMLVAFDARQQT................PPELSEQFPLLR
dpo1_strpn  46  SHLLERVespHILVAFDARAKT................PDEFREQFPFIR
DPO1_ECOLI  47  RSLIMQYkptHAAVVFDAKGKTfrdelfehykshrppmPDDLRAQIEPLH

dpo1_thefl  76  ELVDLLGLVRLEVPGFEADDVLATLAKRAEKEGYEVRILTADRDLYQllS
dpo1_myctu  78  EVLGALGITVLSEPGFEADDLIATLATQAENEGYRVLVVTGDRDALQlvS
dpo1_bacca  76  ELLRAYRIPAYELENYEADDIIGTLAARAEQEGFEVKVISGDRDLTQlaS
dpo1_strpn  80  ELLDHMGIRHYELAQYEADDIIGTLDKLAEQDGFDITIVSGDKDLIQl.T
DPO1_ECOLI  97  AMVKAMGLPLLAVSGVEADDVIGTLAREAEKAGRPVLISTGDKDMAQlvT

dpo1_thefl 126  ERIAIlh......pegylitPAWLYEKYGLRPEQWVDYRALAGDPSDNIP
dpo1_myctu 128  DDVTVlyr.kgvspeltrftPEAVVEKYGLTPRQYPDFAALRGDPSDNLP
dpo1_bacca 126  PHVTVdit.kgitdikepytPEAVREKYGLTPEQIVDLKGLMGDKSDNIP
dpo1_strpn 129  DEHTVveskkgviaefeaftPDYLMEEMGLTPAQFIDLKALMGDKSDNIP
DPO1_ECOLI 147  PNITLint.....mtntilgPEEVVNKYGVPPELIIDFLALMGDSSDNIP

dpo1_thefl 170  GVKGIGEKTAQRLIREWGSLENLFQHLD.....qvkp..sLREKLQAgme
dpo1_myctu 177  GIPGVGEKTAAKWIAEYGSLRSLVDNVD.....avrg.k.VGDALRAnl.
dpo1_bacca 175  GVPGIGEKTAVKLLRQFGTVENVLASID.....eikg.keLKETLRQhre
dpo1_strpn 179  GVTKVGEKTGIKLLLEHGSLEGIYENID.....gmkt.ksMKENLINdke
DPO1_ECOLI 192  GVPGVGEKTAQALLQGLGGLDTLYAEPEkiaglsfrgaktMAAKLEQnke

dpo1_thefl 213  alalsrk.LSQVHTDLPLEv..DFGRRRTPNLEGLRAFLERLEFGSLLHE
dpo1_myctu 219  asvvrnreLTDLVRDVPLAtpqDTLRLQPWDRDHIHRLFDDLEFRVLDRR
dpo1_bacca 219  mallskk.LAAIRRDAPVElslDIADYQGEDREKVVALFKELGFQSFLEK
dpo1_strpn 223  qaflskt.LATIDTKAPIAiglEDVYLSGPDVENLGKFYDEMGFKQLKQA
DPO1_ECOLI 242  vaylsyq.LATIKTDVELEltcEQLEVQQPAAEELLGLFKKYEFKRWTAD

dpo1_thefl 260  Fgllegpkaaeeapwpppe...............................
dpo1_myctu 269  Lf..dtlaaaggpevdeg................fdvrgalapgtvrqwl
dpo1_bacca 268  M...espsseeekpla............................kmaftl
dpo1_strpn 272  L....nmssadvegld..............................ftiv
DPO1_ECOLI 291  Veagkwlqakgakpaakpqetsvadeapevtatvisydnyvtildeetlk

dpo1_thefl 279  .........gaflgfsfsrpepmwaelLALAGAW...egrlh.ra.....
dpo1_myctu 301  aehagdgrragltgvvgth.lphggdaTAMAVAAadgegayl.dtalt.p
dpo1_bacca 287  adrvteemladkaalvvvv.eenyhdaPIVGIAVvnehgrfflerpet.a
dpo1_strpn 288  adqisqdmlseesifhfelfgenyhtdNLVGFAWscgdqlyatdke...l
DPO1_ECOLI 341  awiaklekapvfafdtetdsldni.saNLVGLSFaiepgvaayipvahdy

dpo1_thefl 311  .qdp.......lrglrdl......kgvrgilAKDLAVLALREGLDLf.pe
dpo1_myctu 348  dddaa......laawladpt...akpkalheAKAAVHDLAGRGWTLegvt
dpo1_bacca 335  ladpq......fvawlgdet....kkksmfdSKRAAVALWKKGIELcvgs
dpo1_strpn 335  lqdpil.....fkdflekts......lrvydFKKVKVLLQRFGVDLaqpa
DPO1_ECOLI 390  ldapdqisreralellkplledekalkvgqnLKYDRGILANYGIELrgia

dpo1_thefl 346  dDPMLLAYLLdpsn..ttpegvarryg.......................
dpo1_myctu 389  sDTALAAYLVrpgqsfrtlddlslrylrelraetpqqqqlsllddddrt.
dpo1_bacca 375  fDLLLAAYLLdpaq...gvddvaaakmkqyeavrpdeaavygkga.krav
dpo1_strpn 374  fDIRLAKYLLstv.....edeniatiaslygqtlvddetfygkgvykkai
DPO1_ECOLI 440  fDTMLESYILnsva...grhdmdslaerwlkhktitfeeiagkgknqltf

dpo1_thefl 371  .....gewtedageRALLAERLFQTLKERLkgeerlLWLYEEVEKPLSRV
dpo1_myctu 438  ....daetiqttilRARAVIDLADALDAELar.dstIALLGEMELPVQRV
dpo1_bacca 421  p...depvlaehlvRKAAAIWALERPFDELrrneqdLRLLVELEQPLSSI
dpo1_strpn 419  p...erekflehlaCKLAVLVETEPILEKLsengqlLELLYDMEQPLAFV
DPO1_ECOLI 487  nqialeeagryaaeDADVTLQLHLKMWPDLqkhkgpLNVFENIEMPLVPV

dpo1_thefl 416  LARMEATGVRLDVAYLQALSLEVEAEVRQLEEEVFRLAGHPFNLNSRDQL
dpo1_myctu 483  LAKMESAGIAVDLPMLTELQSQFGDQIRDAAEAAYGVIGKQINLGSPKQL
dpo1_bacca 468  LAEMEFAGVKVDTKRLEQMGEELAEQLRTVEQRIYELAGQEFNINSPKQL
dpo1_strpn 466  LAKMEIAGIVVKKETLLEMQAENELVIEKLTQEIYELAGEEFNVNSPKQL
DPO1_ECOLI 537  LSRIERNGVKIDPKVLHNHSEELTLRLAELEKKAHEIAGEEFNLSSTKQL

dpo1_thefl 466  ERVLFDELGLPai.gKTEKTGKRSTSAAVLEALrea..hPIVDRIL.qYR
dpo1_myctu 533  QVVLFDELGMPk..tKRTKTGY.TTDADALQSLfktdghPFLQHLL.aHR
dpo1_bacca 518  GVILFEKLQLPvl..KKSKTGY.STSADVLEKLapy..hEIVENILhqYR
dpo1_strpn 516  GVLLFEKLGLPleytKKTKTGY.STAVDVLERLapi..aPIVKKIL.dYR
DPO1_ECOLI 587  QTILFEKQGIKpl..KKTPGGAPSTSEEVLEELald..yPLPKVIL.eYR

dpo1_thefl 512  ELTKLKNTyiDPLPALVHPKTGRLHTRFNQTATATGRLSSSDPNLQNIPV
dpo1_myctu 579  DVTRLKVTv.DGLLQAVAA.DGRIHTTFNQTIAATGRLSSTEPNLQNIPI
dpo1_bacca 563  QLGKLQSTyiEGLLKVVRPDTKKVHTIFNQALTQTGRLSSTEPNLQNIPI
dpo1_strpn 562  QIAKIQSTyvIGLQDWILA.DGKIHTRYVQDLTQTGRLSSVDPNLQNIPA
DPO1_ECOLI 632  GLAKLKSTytDKLPLMINPKTGRVHTSYHQAVTATGRLSSTDPNLQNIPV

dpo1_thefl 562  RTPLGQRIRRAFVA.EEGW.VLVVLDYSQIELRVLAHLSGDENLIRVFQE
dpo1_myctu 627  RTDAGRRIRDAFVV.GDGYEALMTADYSQIEMRIMAHLSGDEGLIEAFNT
dpo1_bacca 613  RLEEGRKIRQAFVPSSEDW.LIFAADYSQIELRVLAHIAEDDNLMEAFRR
dpo1_strpn 611  RLEQGRLIRKAFVPWEEDS.VLLSSDYSQIELRVLAHISKDEHLIKAFQE
DPO1_ECOLI 682  RNEEGRRIRQAFIA.PEDY.VIVSADYSQIELRIMAHLSRDKGLLTAFAE

dpo1_thefl 610  GRDIHTQTASWMFGVsp.egVDPLMRRAAKTINFGVLYGMSAHRLSGELS
dpo1_myctu 676  GEDLHSFVASRAFGV.pideVTGELRRRVKAMSYGLAYGLSAYGLSQQLK
dpo1_bacca 662  DLDIHTKTAMDIFQVse.deVTPNMRRQAKAVNFGIVYGISDYGLAQNLN
dpo1_strpn 660  GADIHTSTAMRVFGIeprdnVTANDRRNAKAVNFGVVYGISDFGLSNNLG
DPO1_ECOLI 730  GKDIHRATAAEVFGL.pletVTSEQRRSAKAINFGLIYGMSAFGLARQLN

dpo1_thefl 659  IPYEEAVAFIERYFQSYPKVRAWIEGTLEEGRRRGYVETLFGRRRYVPDL
dpo1_myctu 725  ISTEEANEQMDAYFARFGGVRDYLRAVVERARKDGYTSTVLGRRRYLPEL
dpo1_bacca 711  ISRKEAAEFIERYFESFPGVKRYMENIVQEAKQKGYVTTLLHRRRYLPDI
dpo1_strpn 710  ISRKEAKAYIDTYFERFPGIKNYMDEVVREARDKGYVETLFKRRRELPDI
DPO1_ECOLI 779  IPRKEAQKYMDLYFERYPGVLEYMERTRAQAKEQGYVETLDGRRLYLPDI

dpo1_thefl 709  NARVKSVREAAERMAFNMPVQGTAADLMKLAMVRLFPRL..qelgARMLL
dpo1_myctu 775  DSSNRQVREAAERAALNAPIQGSAADIIKVAMIQVDKALnaqelaSRMLL
dpo1_bacca 761  TSRNFNVRSFAERMAMNTPIQGSAADIIKKAMIDLNARLkerelqARLLL
dpo1_strpn 760  NSRNFNIRGFAEATAINSPIQGSAADILKIAMIQLDKALvagyqgTKMLL
DPO1_ECOLI 829  KSSNGARRAAAERAAINAPMQGTAADIIKRAMIAVDAWLqaeqprVRMIM

dpo1_thefl 757  QVHDELVLEAPKDRAERVAALAKEVMEGVWPLQVPLEVEVGLGEDWLSAk
dpo1_myctu 825  QVHDELLFEIAPGERERVEALVRDKMGGAYPLDVPLEVSVGYGRSWDAA.
dpo1_bacca 811  QVHDELILEAPKEEMERLCRLVPEVMEQAVTLRVPLKVDYHYGSTWYDAk
dpo1_strpn 810  QVHDEIVLEVPKSELVEMKKLVKQTMEEAIQLSVPLIADENEGATWYEAk
DPO1_ECOLI 879  QVHDELVFEVHKDDVDAVAKQIHQLMENCTRLDVPLLVEVGSGENWDQAh

Key

alpha helix         RED
beta strand         GREEN
core blocks         UNDERSCORE

You can also look at the alignment in RSF format, or MSF format with a Feature Table

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